仪式举行的前三天，皇帝已经斋戒、前一天，他又在宫中奉先殿默告祖宗，随后又面禀慈圣太后。致上天的表文则亲笔称臣签上朱翊钧的名字，先一日送至南郊神库。
　　阳历5月16日黎明，皇帝驾到皇极门，他的卫士和随从排开成为一个长方形的队伍。此时礼官报告，各官在大明门整队已毕，皇帝就开始步行出发。
　　北京的居民从来没有看到过这样在严而朴素的仪式。所有的人员，包皮皮皮括皇帝、文武百官和宦官，一律穿蓝色布袍，颈部和下缘以黑布镶边，平日的金银玉带此时全部不用而代之以牛角带。旗帜和乐队也概行免去。大街左边是两千名文官，右边是两千名武官，都列成单行两相对称，浩浩荡荡，和皇帝一起步行前往天坛。
　　这些幸运的居民得到了一生中唯一的机会亲眼看到了当今天子。祈雨的队伍经过大街，一切交通当然需要暂停。但是天子平时出行时采取的“除道”措施，即要求全部店铺关门、行人敛迹的规定，这次却免予执行。这也是皇恩浩荡，允许小民有一睹天颜的机会。居民们所看到的万历皇帝是一个相貌端正的年轻人，脸圆须短，身材稍胖。他以如此虔诚的姿态迈着稳重的步伐，使看到的人无不为之感动。
　　对万历皇帝来说，这十里之遥的长途步行当然不是一件轻松的事情，因为这是他有生以来第一次的如此跋涉，而且当时的天气已愈来愈热。
　　天坛回丘在北京城南部，为今上的祖父嘉靖皇帝在1530年所建。万历皇帝在这同心圆的最下一层石阶上跪下祈祷，上香之后，又向上天叩头4次。文武百官列队站立在南墙之外，当皇帝跪拜时，赞礼官在暗亨门传赞，百官也依样跪拜如仪。
　　行礼既毕，皇帝召集大学士、六部尚书和其他高级官员在左权星门外所设的帐篷内发表训辞。万历声称，天时亢旱固然是由于他本人缺乏德行，但同样也是贪官污吏克剥小民、上干天和的结果。现在务必要改弦更张，斥退坏人，引用好人。申时行即席代表全体官员致答辞，声称臣等奉职无状，以致天降抗旱。皇上代表全体臣民祈祷，当然会上格天心。如果还有官吏不能抑体皇上的诚意，臣等一定要严加申饬。万历当即指示把这种要旨公之于天下。1585年5月16目的敕文就体现了这个指示。被文告诫贪赃枉法、酷害百姓的官吏必须痛加改悔，绝不能再把中枢的命令示为具文，如有违不奉行者，定当严惩不贷。同时万历又命令户都在灾害严重的地区免征赋税一年。
　　仪式结束，准备起驾回它，宦官们让御轿抬到万历跟前，但他坚决不坐，仍和百官步行回宫。这支队伍人数众多，起止需时，到达大明门已经是下午最炎热的时候。队伍刚刚解散，兵部的一个主事就迫不及待地从袖子里抽出一把折扇使劲地挥动。负责纠察的御史发现这一情状，认为其时虽然已经散队，但此人如此不能忍耐，仍然属于失仪。为此这位主事被罚停半年。

　　申时行侍奉皇帝到皇极门，然后叩头退下。临行时他向万历致以慰问，万历则答林‘先生劳苦”。日对这时候首辅固然既饥且渴，极度疲惫，但是相比之下皇帝的任务要更为劳累，他还要到奉先殿去向列祖列宗汇报，汇报完毕还要参见慈圣太后。
　　申时行不能算是一个迷信的人，从各种记录上都看不出他相信通过占卜祈祷的方式就可以和宇宙的神秘的力量有所来往。他在一次给万历的妻章上说，“臣等不习占书，不知事验”，足以清楚地说明了他的态度。同时，也不能认为万历是一个过度迷信的人。在选择皇帝陵寝的过程中，廷臣曾因风水问题，展开了激烈的争辩，最后万历表示“当日秦始皇在俪山筑陵，何尝不讲究风水。从这一达观的态度来看，他对风水的信仰，也只能在若有若无之间。
　　但是迷信与非迷信，其间的分野也可能极为模糊。例如，当一个人强迫自己对一件事情、一种前途建立信念，则其与宗教式的皈依就相去极微。因为凡是一个人处于困境，他就不愿放弃任何足以取得成功的可能性，即使这种可能性极为渺茫，没有根据，他也要把它作为自己精神上的寄托。在这1585年亢旱的初夏，朝廷上下的情形就和此种情况极为接近。当时一天过去又是一天而仍然是骄阳酷日，人们的焦虑也就达到了最大限度。因为每一个人都知道，皇帝的宫廷不能永远建立在一个土地干得发裂的京城里。皇帝亲自出动，以最虔诚的态度和最庄严的仪式向上天求雨，不论是出于迷信，或者其动机是维系人心，最低限度表示了事情并未绝望。希望就产生于这种人为的奋斗之中。他的挣扎，他的自我责备，以及他对臣僚所作的爱民的训示，都可以安慰困窘中的人心，有如一眼清凉剂。他的政府一向认为精神的力量超过实际，因此他这次求雨即是做皇帝克尽厥职的最高表现。
　　最后，一场甘霖有如千军万马，突然降临到人间。最初是雨中带雹，旋即转为骤雨，稍停以后又是一阵骤雨，雨势一直延续到第二天。这场雨发生在阳历6月12日，距离皇帝徒步天坛求雨已将近一月，但是任何人也不敢妄议这不是圣心感动上苍的结果。皇帝自己也当仁不让，兴高采烈地命令百官感谢上苍的恩典。首席大学士也为他感到高兴，因为在这时候，万历皇帝可以在精神上引以为自慰和自满的机会已经不是很多了。

　　申时行理解万历的感情，同情他的处境，但是他和其他文臣一样，仍认定皇帝的职分应当在宫殿之内，除了行礼如仪之外，他不应当置身于其他事情之中，以生轻妄的观感。比如说万历想亲自操练兵马，申时行就会和其他文官合作，竭力阻止。朱翊钩是否有军事天才？这一问题没有历史家能够解答，我们所知道的，则是他即使有任何创造的能力，也因为他身着龙袍，贵为天子，而无法施展表现。而在阻止他发挥个性的群臣中，首席大学士申时行的力量虽不显著，却极为重要。
　　文官们阻止万历亲自操练兵马，他们自认有历史上的先例，因为本朝除了开基创业的祖宗以外，御驾亲征的事例极少。最近一百年内仅仅有一个正德皇帝做过这样的事情，而正德的行动，又被公认为离开了传统的轨道。为人君者，就应该安居垂裳，所以不仅练兵要遭到反对，就是外出旅行也应该在限制之列。今上的祖父嘉靖皇帝一生，仅在1539年一度回到湖广承天府巡视过他的出生之地，此后的27年中就没有离开北京一步。父是隆庆在位5年余，仅仅到京郊谒陵一次，而且为时只有4日。而万历在1583年春天到1585年夏天却已谒陵4次，这毫无疑问是过于频繁了。
　　尤其使群臣为之不安的是，谒陵这个庄严的典礼竟成了皇帝督视内操的借口。谒陵的随从武装是御林军。这支军队当年经过张居正的同意而在1581年建立，驻在京城东北角，受御马监太监的节制。近年来，这支部队的兵员倍增，训练加紧，每天黎明以前，马队在街上的铁蹄声每每把居民的好梦惊醒。1584年夏天，一个酷暑蒸人的日子，皇帝亲自在皇城内观看御林军的射箭比赛，比赛延续到傍晚才宣告结束。好几个宦官因为受不了酷日的煎炙而晕倒，而皇帝却依旧神清体健。文官们对皇帝过人的精力毫不欣慰，反而接二连三地送上奏本，指责内操的不当。劝说无效，他们就对申时行施加压力，希望首辅运用他的影响使这种操练停止。
　　从法制上讲，廷臣所提出的冷谏是否具有成宪的根据则很难概说。本朝从没有宣布过皇帝不能亲率禁军。永乐皇帝所用过的长矛一直供奉在午门楼上，就是皇帝带兵的实证。自力正德皇帝的行动虽然大于物议，然而他始终没有向舆论低头。而且以前皇帝的御林军都属于宦官管辖，就此一点，今上的措施也就无法直接批判。因此，文官们只能举出一些道德上的理由，例如兵凶战危，皇上舞剑弄枪有损承平气象等等，其所用辞语显然不能中肯。

　　然而文官们的意见又岂能完全忽视？他们是本朝政府的支柱。全部文臣既以伦理哲学作为基础推行了现今的统治方式，当然讨厌皇帝亲率禁军，造成文武均衡甚至武高于文的局面。只因为他们又个个都是忠臣，不便站在对等的地位去和皇帝谈判，更不能借势要挟。然则这些不便不能之处却役有使他们放弃初衷，即作净谏时，他们胸中有数，意志坚决，目的不达，决不甘休。
　　老成练达的申时行善于洞察事情的阴和阳。他知道，道德不过是借口，问题的症结是廷臣的安全感。真相既明，他就采取最有效的方式来解决问题。他不事张扬，悄悄地和宦官们谈判。他后来写下的文章，阐述了此中奥妙。申阁老此时质问御马监的诸宦官：几千个官兵带着武器在皇帝身旁，谁能保证他们中间没有人参与做坏事的阴谋？万一有变，其他警卫人员救护不及，谁负得起这样重大的责任？诸位身为将领，又岂能置身事外？首辅还可能在此时提出江彬的先例，用本朝的历史，引证凡是和文官集团公开作对的人，没有一个能得到善终。即使是皇帝最亲信的人，迟早也会被大众清算。这一番危言耸听的游说取得了预期的效果，用申时行自己的话来说，就是“诸档辣然”。
　　带兵的宦官既已为申时行的言辞所震慑，他们不再愿意参与内操，转而劝说皇帝放弃亲率禁军。这种釜底抽薪的对、法，为效极显；而且皇帝不是一个没有理智的人，他知道如果坚执己意，他和臣下的冲突势必与他叔祖正德一朝的情况相类似。他既不愿意走此极端，迟早就得让步，所以从这时起他就对禁军逐渐不加过问。1585年之后，御马监勇士相次为人遗忘，禁军这一组织也就逐渐于无形中瓦解。
　　申时行以办理外交的方式来主持内政，御林军事件的顺利结束，更证明了这种方式确实卓有成效。他欣赏自己“从中调剂，就事匡维”这一处世和执政的原则，对待皇帝的办法则是“显谏者不若潜移为妙”。因为这种办法既对皇帝的权威无损，而臣下的目的又可以达到，这比之于臣下在奏章上奚落昏庸的皇帝，而皇帝用荆条痛打犯上的群臣总要高明得多。申时行所始料未及的，就是万历皇帝比他申先生又更高一手，他看透了这种斗争的真情实相，知道自己生气都属无效，莫若用“无为”的办法，对付所有的纠缠，因之他的消极也越来越彻底了。