查理·包法利是个军医的儿子。他天资不高，但很勤勉、老实，为人懦弱无能。父亲对教育不重视。他在十二岁是由母亲为他争得了上学的权利，后来当了医生。这时他的父母又为他找了个每年有一千二百法郎收入的寡妇——杜比克夫人做妻子，她已四十五岁了，又老又丑，“柴一样干，象春季发芽一样一脸疙瘩”。但她因为有钱，并不缺少应选的夫婿。她和查理结婚后，便成了管束他的主人查理必须顺从她的心思穿衣服，照她的吩咐逼迫欠款的病人；她拆阅他的信件，隔着板壁偷听他给妇女看病。
　　一天，查理医生接到一封紧急的信件，要他到拜尔斗给一个富裕农民卢欧先生治病，他的一条腿摔断了。卢欧是个五十岁左右的矮胖子，他的太太二年前已去世了。家里由她的独生女爱玛料理。这是个具有浪漫气质的女孩子，面颊是玫瑰色*的，头发黑油油的，在脑后挽成一个大髻，眼睛很美丽，由于睫毛的缘故，棕颜色*仿佛是黑颜色*，她“朝你望来，毫无顾虑，有一种天真无邪胆大的神情”。她给查理留下了深刻的印象。查理给卢欧诊治过后，答应他三天后再去拜访，但到第二天他就去了。此后，他一星期去两次。先后花了四十六天的时间，治好了卢欧的腿。
　　查理妻子同丈夫常上拜尔斗去。免不了要打听病人的底细。当她知道卢欧小姐曾受过教育，懂得跳舞、地理、素描、刺绣和弹琴时，醋劲大发。她要丈夫把手放在弥撒书上，向她发誓，今后再也不去拜尔斗了。查理唯命是听，照样做了。但不久发生了一件意外的事，他妻子的财产保管人带着她的现金逃跑了。查理的父母发现媳妇一年并没有一千二百法郎的收入（她在订婚的时候撒了谎），于是跑来和她吵闹。她在一气之下，吐血死了。
　　卢欧老爹给查理送诊费来，当他知道查理的不幸后，便尽力安慰他，说自己也曾经历过丧偶的痛苦。他邀请查理到拜尔斗去散散心。查理去了，并且爱上了爱玛。他向卢欧老爹提亲。卢欧感到查理不是理想的女婿，不过人家说他品行端正，省吃俭用，自然也不会太计较陪嫁，便答应了。开春后，查理和爱玛按当地的风俗举行了婚礼。
　　爱玛十三岁进了修道院附设的寄宿女校念书。她在那里受着贵族式的教育。她爱教堂的花卉、宗教的音乐，并在浪漫主义小说的熏陶下成长。彼耶的小说《保耳与维尔吉妮》是她最喜爱的图书之一。她梦想过小竹房子的生活，尤其是有位好心的小哥哥，情意缠绵，爬上比钟楼还要高的大树去摘红果子，或者赤着脚在沙滩上跑，给你抱来一个鸟巢；她又“衷心尊敬那些出名或者不幸的妇女”，沉浸在罗漫蒂克的缅想中。一位在大革命前出身于贵族世家的老姑娘，每月到修道院做一星期女工，她向女生们讲浪漫故事，而且衣袋里总有一本传奇小说。后来，爱玛的母亲死了，父亲把她接回家去。
　　爱玛结婚了，她终于得到了那种不可思议的爱情。在这以前，爱情仿佛是一只玫瑰色*羽毛的巨鸟，可望而不可即，在诗的灿烂的天堂里翱翔。婚后，她却发觉查理是个平凡而又庸俗的人。他“谈吐象人行道一样平板，见解庸俗，如同来往行人一般衣着寻常，激不起情绪，也激不起笑或者梦想”。查理不会游泳、不会比剑，不会放枪。有一次爱玛用传奇小说中一个骑马的术语问他，他竟瞠目不知所对。她悔恨自己为什么要结婚！有时，她为了弥补感情上的空虚，她向查理吟诵她记得起来的情诗，一面吟，一面叹息。可是吟过之后，她发现自己如同吟唱前一样平静，而查理也没有因此而感动，正如火刀敲石子，她这样敲过之后，不见冒出一颗火星来。

　　不久，查理医好了一位声名显赫的侯爵的口疮。侯爵为答谢查理，他邀请查理夫妇到他的田庄渥毕萨尔去作客。查理夫妇坐着马车去了。那是个有着意大利风格的庄园，房子很大，还有美丽的花园。爱玛对侯爵家豪华的气派，高雅的客人，珠光宝气的舞会场面，一一感到入迷。一位风流潇洒的子爵来邀她跳舞，给她留下了极深的印象。在回家的路上，她拾得了子爵的一个雪茄匣，又勾起了她对舞伴的怀念。回到家，她向女仆人发脾气。她把雪茄匣藏起来，每当查理不在家时，她把它取出来，开了又开，看了又看，甚至还闻了衬里的味道：一种杂有美女樱和烟草的味道。她“希望死，又希望住到巴黎”。
　　渥毕萨尔之行，在爱玛的生活上，凿了一个洞眼，如同山上那些大裂缝，一阵狂风暴雨，一夜工夫，就成了这般模样。她无可奈何，只得想开些。不过她参加舞会的漂亮衣着、缎鞋，她都虔诚地放入五斗柜。“她的心也像它们一样，和财富有过接触之后，添了一些磨蹭不掉的东西”。爱玛辞退了女佣人，不愿意在道特住下去了。她对丈夫老是看不顺眼。她变得懒散，“乖戾和任性*”。
　　查理怕引起爱玛生病。他们从道特搬到永镇居住。这是个通大路的村镇，有一个古老的教堂和一条子弹射程那样长的街。街上有金狮客店和引人注目的郝麦先生的药房。郝麦是个药剂师，戴一顶金坠小绒帽，穿一双绿皮拖鞋，他那洋洋自得的脸上有几颗细麻子，神气就象挂在他头上的柳条笼里的金翅雀那样。他经常爱自我吹嘘，标榜自己是个无神论者，他没有医生执照，但私自给农民看病。爱玛到永镇那天，由郝麦和一个在律师那里做练习生的赖昂陪着吃晚饭。
　　赖昂·都普意是个有着金黄头发的青年，金狮饭店包饭吃的房客。爱玛和他初次见面便很谈得来。他们有相同的志趣，而且都爱好旅行和音乐。此后，他们便经常在一道谈天，议论浪漫主义的小说和时行的戏剧，并且“不断地交换书籍和歌曲”。包法利先生难得妒忌，并不引以为怪。
　　爱玛生了一个女孩，起名为白尔特。交给木匠的女人喂养。赖昂有时陪她一道去看女儿。他们日益接近起来，爱玛生日时，赖昂送了一份厚礼，爱玛也送给他一张毯子。
　　时装商人勒乐，是个狡黠的做生意的能手，虚胖的脸上不留胡须，仿佛抹了一道稀薄的甘草汁；一双贼亮的小黑眼睛，衬上白头发，越发显得灵活。他逢人胁肩谄笑，腰一直哈着，姿势又象鞠躬，又象邀请。他看出爱玛是个爱装饰的“风雅的妇女”，便自动上门兜揽生意，并赊账给她，满足她各种虚荣的爱好。
　　爱玛爱上了赖昂。她为了摆脱这一心思，转而关心家务，把小白尔特也接回家来，并按时上教堂。她瘦了，面色*苍白，象大理石一样冰凉。有一次，她甚至想把心中的秘密在忏悔时向教士吐露，但她看到教士布尔尼贤俗不可耐，才没有这样做。她由于心情烦躁，把女儿推跌了，碰破了她的脸。赖昂也陷入爱情的罗网。他为了摆脱这一苦闷，便上巴黎念完法科的课程。临别时，他和爱玛依依惜别。他们都感到无限的惆怅。

　　爱玛因烦恼生起病来。对赖昂的回忆成了她愁闷的中心。即使旅客在俄国大草原雪地上燃起的火堆，也比不上赖昂在她回忆中那么明亮。一次，徐赦特的地主罗道耳弗·布朗皆来找包法利医生替其马夫放血。这是个风月场中的老手。约莫三十四岁光景，性*情粗野，思悟明敏。他有两处庄田，新近又买下一个庄园，每年有一万五千法郎以上的收入。他见爱玛生得标致，初见面便打下勾引她的坏主意。
　　罗道耳弗利用在永镇举办州农业展览会的机会接近爱玛，为她当向导，向她倾吐衷曲，他把自己装扮成一个没有朋友、没人关心，郁闷到极点的可怜虫。他说只要能得到一个真心相待他的人，他将克服一切困难，去达到目的。他们一同谈到内地的庸俗，生活的窒闷，理想的毁灭……
　　展览会揭幕典礼开始了，州行政委员廖万坐着四轮大马车姗姗来迟。这是个秃额头，厚眼皮，脸色*灰白的人。他向群众发布演说，对“美丽祖国的现状”进行了一番歌功颂德。他说目前法国“处处商业繁盛，艺术发达，处处兴修新的道路，集体国家添了许多新的动脉，构成新的联系；我们伟大的工业中心又活跃起来；宗教加强巩固，法光普照，我们的码头堆满货物……”他的演说声和附近放牧的牛羊咩咩的叫声连成一片，群众还向他吐舌头。会后，举行了发奖仪式。zheng府把一枚值二十五法郎的银质奖章颁发给一个“在一家田庄服务了五十四年”的老妇。那老妇一脸皱纹，干瘦疲惫不堪。当她领到奖章后说：“我拿这送给我们的教堂堂长，给我作弥撒。”最后，又举行了放焰火。爱玛和罗道耳弗都不关心展览会一幕幕滑稽剧的进行。他们只是借此机会说话儿，谈天，直到出诊的查理回来为止。
　　展览会后，爱玛已忘不了罗道耳弗了。而罗道耳弗却有意过了六星期才去看她。他以关心爱玛的健康为由，把自己的马借给她骑。他们一同到野外散心。爱玛经不起罗道耳弗的诱惑，做了他的情妇。他们瞒着包法利医生常在一起幽会。这时，爱玛感情发展到狂热的程度，她要求罗道耳弗把她带走，和他一同出奔。她和查理的母亲也吵翻了。
　　然而，罗道耳弗完全是个口是心非的伪君子。他抱着玩弄女性*、逢场作戏的丑恶思想，欺骗了爱玛的感情。他答应和她一同出逃，可是出逃那天，他托人送给爱玛一封信。信中说，逃走对他们两人都不合适，爱玛终有一天会后悔的。他不愿成为她后悔的原因；再说人世冷酷，逃到那儿都不免受到侮辱。因此，他要和她的爱情永别了。爱玛气得发昏，她的心跳得象大杠子撞城门一样。傍晚，她看到罗道耳弗坐着马车急驶过永镇，去卢昂找他的情妇--一个女戏子去了。爱玛当即晕倒。此后，她生了一场大病。病好后，她想痛改前非，重新生活。可是，这时又发生了另一场事。

　　药剂师郝麦邀请包法利夫妇到卢昂去看戏。在剧场里，爱玛遇见了过去曾为之动情的练习生赖昂。现在，他在卢昂的一家事务所实习。于是，他们埋藏在心底多年的爱情种子又萌芽了。他们未看完戏，便跑到码头谈天。这时，赖昂已不是初出茅庐的后生，而是一个有着充分社会经验的人了。他一见面便想占有爱玛，并向她诉说离别后的痛苦。当爱玛谈到自己害了一场大病，差点死掉时，赖昂装出十分悲伤的样子。他说，他也 “羡慕坟墓的宁静”，时常想到死，甚至有一天，他还立了个遗嘱，吩咐别人在他死后，要用爱玛送给他的那条漂亮的毯子裹着埋他。他极力怂恿爱玛再留一天，去看完这场戏。包法利医生因医疗事务先赶回永镇去了。爱玛留下来。于是她和赖昂便一同去参观卢昂大教堂，坐着马车在市内兜风。这样，爱玛和赖昂姘搭上了。
　　爱玛回到永镇后，借口到卢昂去学钢琴，实际上，她是去和赖昂幽会。爱玛再一次把自己的全部热情倾注在赖昂身上，沉溺在恣情的享乐之中。为了不花销，她背着丈夫向商人勒乐借债。
　　然而，赖昂和罗道耳弗一样欺骗了爱玛的感情。他渐渐地对爱玛感到厌腻了。尤其是当他收到母亲的来信和都包卡吉律师的解劝时，决定和爱玛断绝来往。因为这种暧昧的关系，将要影响他的前程。不久，他就要升为第一练习生了。于是，他开始回避她。
　　正在这时，爱玛接到法院的一张传票。商人勒乐要逼她还债，法院限定爱玛在二十四小时内，把全部八千法郎的借款还清，否则以家产抵押。爱玛无奈去向勒乐求情，要他再宽限几天，但他翻脸不认人，不肯变通。爱玛去向赖昂求援，赖昂骗她借不到钱，躲开了。她去向律师居由曼借钱，可是这老鬼却乘她眉急之际想占有她。她气愤地走了。最后，她想到徐赦特去找罗道耳弗帮助。罗道耳弗竟公然说他没有钱。爱玛受尽凌辱，心情万分沉重。当她从罗道耳弗家出来时，感到墙在摇晃，天花板往下压她。她走进一条悠长的林荫道上，绊在随风散开的枯叶堆上……回到家，爱玛吞吃了砒霜。她想这样一来“一切欺诈，卑鄙和折磨她的无数欲|望，都和她不相干了”。包法利医生跪在她的床边，她把手放在他的头发里面，这种甜蜜的感觉，越发使医生感到难过。爱玛也感到对不起自己的丈夫。她对他说：“你是好人。”最后，她看了孩子一眼，痛苦地离开了这个世界。
　　为了偿清债务，包法利医生把全部家产都当光卖尽了。他在翻抽屉时，发现了妻子和赖昂的来往情书以及罗道耳弗的画像。他伤心极了，好长时间都闭门不出。一次，他在市场上遇见了罗道耳弗，但他原谅了自己的情敌，认为“错的是命”。他在承受了种种打击之后，也死了。爱玛遗下的女儿寄养在姨母家里，后来进了纱厂。
　　包法利医生死后，先后有三个医生到永镇开业，但都经不起郝麦拼命的排挤，没有一个站得住脚。于是这位非法开业的药剂师大走红运，并获得了zheng府颁发给他的十字勋章。